Cuando la planta de soja concluye su ciclo, las hojas comienzan a amarillear y terminan por desprenderse, los frutos cambian su color verde por el marrón y la semilla va perdiendo humedad. Se estima que, si hay un 19% de pérdida en la cosecha, equivalente a más o menos unos 150 kg, la ganancia disminuye a su vez, en más de un 20%. La cosecha constituye el éxito del cultivo de la soja, pues las pérdidas de granos reducen fuertemente la ganancia del productor. La soja tiene tendencia a producir vainas muy cerca del suelo, lo cual constituye un problema en el momento del corte y recolección. La siembra de cultivos densos, con unas 32 a 38 plantas por metro lineal, correspondiendo a la aproximadamente de 80 kg/ha de semilla, provoca el mayor crecimiento de tallos más delgados que producen vainas a mayor altura, facilitando el corte por las cuchillas.
Cuando los terrenos se presentan desparejos, las cuchillas cortan las hileras a diferentes alturas, ocasionando pérdidas, agravándose los problemas por las oscilaciones de las máquinas. Cuanto más pareja sea la superficie de los suelos, menores serán las pérdidas debidas a diferencias en las alturas de corte, aconsejándose la utilización de niveladoras de suelo como medida previa a la siembra. El aporque produce los mismos efectos que la presencia de terrenos desparejos, por lo que no son aconsejables. Las labores con escardillos bien planos, a menos de 10 cm de profundidad, cumplen con el cometido permitiendo que los entresurcos luego se llenen con las hojas que caen, evitando el atore de las cuchillas. Las malezas verdes y voluminosas, aumentan la proporción de materia vegetal que acompaña al grano dificultando la trilla. En caso de presentarse gran cantidad de malezas que no han podido eliminarse en su momento, es conveniente reducir la velocidad de avance para que la carga de la máquina sea igual que en campo limpio. Se debe recordar que malezas de tallo grueso y seco, como la quínoa, son peligrosas pues pueden llegar a romper la cuchilla. La cosecha de la soja se realiza en otoño, es decir, con variantes en el contenido de humedad del suelo y del aire. Siendo de 13% a 14% el tenor ideal de humedad, conviene comenzar a cosechar cuando los granos presenten dicho porcentaje, tratando de terminar el trabajo antes que disminuya al 11% ó 12%, que es cuando las hojas se tornan amarillentas y caen, volviéndose quebradizos los tallos, abriéndose las vainas con facilidad. En este momento, los granos han perdido su textura pastosa, volviéndose consistentes y correosos. Hay que tener en cuenta que existen variedades con poca resistencia al desgrane que conviene tener almacenadas cuanto antes. Son las variedades dehiscentes. Por lo demás, una lluvia o temporal imprevisibles pueden ocasionar demora en la cosecha y el desgrane o vuelco de plantas, todo con las consiguientes pérdidas de grano.
Cuando los granos presenten 15% a 16% de humedad, no conviene cosechar porque ello exigirá un secado posterior, operación que puede perjudicar los granos si no se realiza con sumo cuidado y en condiciones adecuadas. En algunas zonas de otoños húmedos, no se secan las semillas y, en casos graves, se puede perder la producción en su totalidad. En esas zonas es necesario sembrar variedades más precoces para conseguir mayor seguridad de cosecha, aunque el rinde puede ser menor. El frío produce la detención de la evolución de las plantas y facilita se desecación, por lo que, en estas condiciones, conviene efectuar la recolección con la mayor rapidez, para evitar las pérdidas por apertura de vainas, ataque de hongos, caídas de granos, etc. Si los granos están demasiado secos, las vainas se desgranan con toda facilidad, perdiéndose una gran cantidad de producto. Las pérdidas son menores cuando se cosecha durante la mañana o al caer la tarde, es decir, durante los períodos en los cuales las chauchas están húmedas. Cuando se utilizan máquinas que permiten variar la velocidad de1 cilindro, conviene comenzar a cosechar en la mañana, cuando el rocío es abundante, pero una vez que los granos tengan menos del 14% de humedad. En este momento se requiere que la velocidad del cilindro sea el doble de lo normal. A medida que avanza el día, se observará si aparecen en la tolva granos rotos. Si ocurre así, debe reducirse gradualmente la velocidad del cilindro a la normal. Esta práctica disminuye las pérdidas por desgrane y amplía el número de horas del día para realizar una labor eficiente. Sin embargo, no se recomienda trabajar de esta forma cuando la cosecha se destinará a semilla. El exceso de humedad provoca que la harina de extracción resultante pueda ser portadora del hongo Aspergillus flavus que produce una sustancia llamada aflatoxina, que provoca la muerte masiva de las aves que consumen alimentos balanceados preparados con esa harina.
